📄 علم الأحياء النظمية

Network pharmacology-based discovery and experimental validation of novel drug repurposing candidates in Alzheimer's Disease

تستخدم هذه الدراسة إطار عمل الصيدلة الشبكية مقترناً بالتحقق التجريبي لتحديد وتأكيد الإمكانات العلاجية لإعادة استخدام عقاري TUDCA وarundine لعلاج مرض الزهايمر من خلال إنقاذ الأنماط الظاهرية ذات الصلة بالمرض عبر تنظيم إشارات البروتين G.

Jones, A., Loeffler, T., Wu, E., Varma, V. R., Im, H. K., Thambisetty, M.2026-03-09
📄 علم الأحياء النظمية

Toroidal Search Algorithm: A Topology-Inspired Metaheuristic with Applications to ODE Parameterization in Mathematical Oncology

تقدم الورقة البحثية خوارزمية البحث الحلقي (TSA)، وهي خوارزمية استدلالية مبتكرة مستوحاة من الطوبولوجيا تقضي على الركود عند الحدود عبر الهندسة الحلقية وأعداد الالتفاف، مُظهرةً أداءً فائقاً في التحسين عالي الأبعاد وحل مشكلات التوصيف العكسي للمعلمات في علم الأورام الرياضي بنجاح.

Oh, C., Wilkie, K. P.2026-03-07
📄 علم الأحياء النظمية

TwinCell: Large Causal Cell Model for Reliable and Interpretable Therapeutic Target Prioritisation

يُعد ™TwinCell نموذجاً خلوياً سببياً ضخماً يستفيد من بيانات الاضطراب في المختبر والشبكة التفاعلية متعددة الأوميكس لتحديد وتفسير الأهداف العلاجية المسببة لعمليات الانتقال من الحالة المرضية إلى الحالة السليمة، متفوقاً بذلك على الطرق الحالية في كل من سيناريوهات التنبؤ الصفري والتحقق السريري.

Morlot, J.-B., Dias, T., Legare, S., Romualdi, A., Hatem, E., Abraham, Y.2026-03-06
📄 علم الأحياء النظمية

Integrative Multi-omics Analysis of the Human Skeletal Muscle Response to Endurance or Resistance Exercise: Findings from the Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC)

تكشف هذه الدراسة الصادرة عن كونسورتيوم (MoTrPAC) أن تمارين التحمل والمقاومة الحادة تحفز استجابات "متعددة الأوميات" متميزة ومرتبة زمنياً في العضلات الهيكلية البشرية، والتي تتميز بتغيرات مبكرة في التخلق المتوالي (الإبيجينتيك) وفي الإشارات تسبق التحولات النسخية والبروتينية لتنظيم عمليات مثل الالتهام الذاتي، وتكون الأوعية الدموية، ودوران البروتين.

Keshishian, H., Many, G. M., Smith, G., Clark, N. M., Iyer, G., Hart, P., Lindholm, M. E., Montalvo, S., Zhang, Z., Jin (…)2026-03-06
📄 علم الأحياء النظمية

A systemic circadian nicotinic acid riboside (NaR) signal engages the unfolded protein response and adipogenesis via the prefoldin complex

تحدد هذه الدراسة النيكوتيناتيك أسيد ريبوسيد (NaR) كأيض دوري منتشر يتم التحكم فيه بواسطة ساعة الكبد، والذي يشغل معقد "البريفولدين" لتعديل إشارات استجابة البروتين غير المطوي وتكوين الخلايا الدهنية بطريقة تعتمد على الوقت، وبذلك يربط بين الإيقاعيات اليوماوية الجهازية والنتائج الفسيولوجية الخاصة بالأنسجة.

Vlassakev, I., Savva, C., Zhou, L., Ritz, D., Schmidt, A., Jang, C., Saei, A. A., Petrus, P. P.2026-03-06
📄 علم الأحياء النظمية

Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC): Initial Insights into the Dynamic Human Responses to Exercise

نجح مشروع "تحالف المحولات الجزيئية للنشاط البدني" (MoTrPAC) في إرساء إطار عمل لاستقصاء التكيفات الفسيولوجية والجزيئية الحادة والمزمنة المتميزة لتمارين التحمل والمقاومة لدى البالغين الأصحاء الخاملين، مما أظهر نجاحاً كبيراً في جمع العينات وتحسناً ملحوظاً في معايير اللياقة البدنية عقب التدريب الخاضع للإشراف.

MoTrPAC Study Group,, Brandt, A. R., Fleg, J., Goodpaster, B. H., Jaeger, B., Jin, C. A., Johannsen, N. M., Katz, D., Ke (…)2026-03-05
📄 علم الأحياء النظمية

Likelihood-Free Parameter Inference for Spatiotemporal Stochastic Biological Models using Neural Posterior Estimation

تقدم هذه الورقة إطار عمل لتقدير اللاحقة العصبية للاستدلال البارامتري الخالي من الاحتمالية في النماذج البيولوجية العشوائية ذات الأبعاد الزمانية والمكانية، مما يبرهن على قدرته على استعادة المعلمات القابلة للتفسير بيولوجياً لهجرة الخلايا بدقة، سواء من الإحصاءات الملخصة أو من البيانات المكانية الخام، دون الاعتماد على تقريبات بديلة أو نماذج ضوضاء صريحة.

Kimpson, T., Flegg, J., Simpson, M. J.2026-03-04
📄 علم الأحياء النظمية

Ageing impacts extracellular matrix turnover and remodelling in the kidney

تُظهر هذه الدراسة أن تليف الكلى المرتبط بالتقدم في السن مدفوع بشكل أساسي بضعف تحلل المادة الخلالية خارج الخلوية، والذي يتميز بإطالة كبيرة في فترات نصف عمر البروتين، وتغير في إمكانية وصول الإنزيمات المحللة للبروتين، واضطراب في التفاعلات مع المادة الخلالية، مما يعيق مجتمعاً تجديد الغشاء القاعدي وإعادة تشكيل الأنسجة.

Preston, R., Hoyle, A., Stevenson Harris, A., Williams, E., Birtles, T., Chang, J., Swift, J., Eckersley, A., Lennon, R.2026-03-04
📄 علم الأحياء النظمية

Exercise modulation of the alternative splicing landscape in human tissues

تكشف هذه الدراسة أن تمارين التحمل والمقاومة الحادة تُحدث أنماطاً متميزة ومعتمدة على الوقت من التوصيل البديل عبر العضلات الهيكلية البشرية، والأنسجة الدهنية، والدم، وبشكل مستقل إلى حد كبير عن تغيرات التعبير عن الحمض النووي الريبوزي (RNA)، مما يثبت أن التوصيل البديل التنظيمي يعد وسيطاً جزيئياً رئيسياً للاستجابات متعددة الأعضاء للنشاط البدني.

Zhang, Z., Nudelman, G., Pincas, H., Iyer, G., Smith, G. R., Keshishian, H., Jin, C. A., Trappe, S., Katz, D. H., Burant (…)2026-03-04
📄 علم الأحياء النظمية

Why Boolean network control tools disagree: a taxonomy of control problems

تتناول هذه الورقة عدم الاتساق بين أدوات التحكم في الشبكات البولينية من خلال اقتراح تصنيف لمشكلات التحكم، وتطوير إطار عمل للمقارنة تجريبياً بين حلولها، وتقديم مقياس متسق التغطية لتحديد أولويات التدخلات الجينية الفعالة للأنماط الظاهرية المرغوبة.

Biane, C., Moon, K., Lee, K., Pauleve, L.2026-03-03